Shiba inu memang menderita penyakit alergi kulit. Semua anjing Shiba inu yang gatal memerlukan uji coba makanan eliminasi untuk menyingkirkan alergi makanan. Alergi makanan sering terjadi. Alergen makanan yang paling umum adalah daging sapi, gandum, dan produk susu, tetapi masih banyak lagi yang lainnya. Pihak-pihak yang bersifat pengawet disalahkan namun jarang bertanggung jawab. Sistem kekebalan hanya mengenali molekul besar seperti protein. Alergi makanan sering kali dimulai segera setelah anjing mulai mengonsumsi makanan padat. Jika anjing Anda memiliki anus yang gatal dan berlari + mengalami infeksi telinga sepanjang waktu dan ini semua dimulai pada tahun pertama kehidupannya, London pastinya itu terkait dengan pola makan. Anjing yang alergi makanan sering menggosok wajahnya setelah makan karena bibirnya terasa gatal. Anjing yang alergi makanan memerlukan uji coba eliminasi makanan yang tepat.
Shiba inu juga menderita dermatitis atopik anjing. Dermatitis atopik adalah alergi terhadap serbuk sari, tungau debu, dan spora rumah tangga. Hal ini jarang terjadi pada tahun pertama kehidupan (walaupun bukan tidak mungkin). Pada tahap awal, anjing ini tampak gatal padahal kulitnya terlihat normal-normal saja. Kulit menjadi kering karena cacat pelindung kulit. Sphingosine hilang dari lapisan pelindung ceramide di kulit luar. Alergen melintasi kulit dan air keluar. Anjing-anjing itu mulai mencakar tetapi sepertinya tidak ada alasannya. Kulitnya mungkin agak kering karena ketombe, tetapi tampaknya tidak ada masalah lain. Sayangnya hal ini berkembang dan ruam parah berkembang seiring bertambahnya usia Shiba inu. Ruam cenderung terjadi di tempat yang tidak ada penutup rambut seperti di sela-sela jari kaki, selangkangan, perut, ketiak, dan permukaan bagian dalam telinga. Dermatitis atopik membuat frustrasi. Anda dapat melakukan tes tusuk kulit dan tes darah dan saat ini satu-satunya obat yang dapat menyembuhkan adalah desensitisasi dengan vaksin alergen yang diencerkan. Ini berhasil pada 70% anjing. Bagi mereka yang tidak mampu melakukan tes tersebut, prednisolon adalah satu-satunya pilihan yang murah. Siklosporin bekerja dengan baik tetapi mahal. Beberapa perawatan alami benar-benar dapat membantu dan berguna untuk menghindari faktor kambuh.